故事以15年前的北大西洋上一件海難作序幕，這宗海難是由一艘在深夜濃霧中航行的貨輪引起的。由于未能及時發現航道上有巨大冰山，貨輪猛烈撞上冰山后導致引擎室受到重創，整艘船也在不久后徹底沉沒。雖然大多數船員順利獲救，但船長與一名船員還是不幸罹難。而在15年后的東京大都會，大財團的著名設計師在駕車時，突然心臟病發作。連人帶車沖向山谷，車子在墜落山谷后起火燃燒，設計師當場氣絕身亡。這兩宗分別發生于兩個不同年代的意外居然是一場驚天大陰謀的序幕。幕后黑手選擇了豪華郵輪“愛芙羅黛蒂號”作為展開陰謀的地點。恰巧江戶川柯南、毛利蘭、毛利小五郎等人參加了這艘郵輪的首次航行儀式，他們將一步步揭開幕后黑手的陰謀，讓真相水落石出。

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