一年一度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發生六起連環殺人案。被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由于案發范圍過大，各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組共同研究案情，名偵探毛利小五郎也被邀請參加，江戶川柯南則偷偷聽取了會議的內容。會后，江戶川柯南無意中聽到群馬縣的山村操警官哼唱的童謠，繼而發現有黑暗組織的成員混進警察中間。在一次圍捕行動中，柯南遇到假扮人質的苦艾酒，得知近期一連串的殺人案件與存有組織內部人員資料的記憶卡有關。與此同時，潛入警察內部的間諜偷偷盜取工藤新一和柯南的指紋，新一的身份眼看就要被拆穿了，巨大的危險正向柯南和他身邊的人急速襲來！意識到事情危險性的江戶川柯南獨自展開了調查……

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