特別輸送劇情講述日本人在偽滿洲國設置細菌實驗基地的秘密被哈爾濱警察廳督查馮劍白發現并炸毀的故事。　　哈爾濱發生的一起離奇命案使得警官馮劍白卷入系列的神秘案件，對于案件的調查陷入重重的困難中，所以抓到的線索都斷了。　　他所查到的與案件相關的人劉順、趙秉琪、艾德烈等都相繼死去，馮劍白也受到來自不同政治立場人的威脅，自身的生命都受到威脅。　　馮劍白堅決要追查到底，在關東軍憲兵隊、東北抗聯、各國諜報機構的驚心暗戰斗爭中，馮劍白漸漸的揭開謎底。　　在各方的配合幫助下，他們截獲反滿抗日武裝所需要的，正被佐藤偷偷轉移中的軍火，粉碎佐藤在哈爾濱進行細菌戰實驗的陰謀。　　日本憲兵隊機關和偽滿當局根據七三一部隊要求，經常把華中、東北各地的中國人、蘇聯人、蒙古人和朝鮮人秘密地押送到七三一部隊，供細菌試驗之用。被押送的人大多數是被俘的八路軍、新四軍、蘇聯紅軍、地下工作者和反滿抗日的工人、教員、學生、還有所謂的政治嫌疑犯。在運送期間，為防止暴露，日本憲兵隊官方給被押送人員規定了一個專用名詞："特殊材料""特別輸送"。據日本憲兵署的文件記載，自從一九三九年起，就有"特別輸送俘虜"之事。日本關東軍憲兵司令城倉少將于一九三九年發布過將三十名俘虜"特別輸送"到石井部隊的第二二四號命令。

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