唐賢平(聶遠 飾)答應裴如海(霍青 飾)，把裴如海投靠日本人的行為，說成是復興社的臥底行動，讓裴如海重回復興社，唯一的要求就是，裴如海必須幫助他，把《懺悔錄》從馬天目(張魯一 飾)手中奪回來。范義亭(杜功海 飾)帶著江韻清(郭曉婷 飾)，一起去十六浦碼頭，等著跟范雅蘿(逯恣禎 飾)匯合，一起離開上海。馬天目帶著范雅蘿在碼頭等著范義亭，因為范義亭遲遲未到，范雅蘿很是擔心。馬天目安慰著范雅蘿，讓她不用擔心，這時范義亭趕到了，范雅蘿這才放心了下來。范義亭見到了范雅蘿，感謝了馬天目之后，便帶著范雅蘿上船了，馬天目這才想著檢查一下箱子里的《懺悔錄》。馬天目剛打開箱子，唐賢平就帶著裴如海出現，要從他手中把《懺悔錄》奪回去。馬天目沒有想到，唐賢平為了得到《懺悔錄》竟可以和裴如海合作，他非常的失望，可他的話卻不能讓取信唐賢平，他也沒有辦法。唐賢平得意地打開箱子，可沒想到箱子里全是現金，還有范義亭的一封感謝信，并沒有《懺悔錄》。馬天目驚訝地表示不可能，唐賢平只得讓馬天目說出范義亭登的船，然后帶著人上船去質問范義亭。范義亭聲稱，自己已經把《懺悔錄》交給了馬天目，不承認他手上有《懺悔錄》。裴如海以復興社成員的身份出現，要說出范義亭的計劃，把范雅蘿直接嚇暈了過去。裴如海聲稱，范義亭瞞過了所有人，把《懺悔錄》放在了船底，想帶著一起離開上海，所以他料定《懺悔錄》就在這艘船的船底。范義亭在裴如海說出他的計劃后，直接倒地了，裴如海檢查了一下，發現范義亭這一次是真的中風了。裴如海有了推論，唐賢平馬上就讓郭寶開下船底去檢查，果真發現有一個箱子，可郭寶開打不開，所以唐賢平讓開鎖第一，水性也第一的裴如海下水取《懺悔錄》。裴如海下了水，開了籠子外的鎖，進去想辦法取《懺悔錄》的箱子，而此時馬天目用一枚金幣設計的鎖 ，將裴如海進去的門框直接給鎖住了。裴如海打開箱子，發現里面并不是《懺悔錄》時，想要脫身回到水面上，卻發現他怎么也逃生不了了。三分鐘過去后，馬天目告訴唐賢平，裴如海已經上不來了，因為這艘船并不是真正的華昌號，而是給裴如海準備的審判席。裴如海做盡了壞事，害死了很多民族同胞，最終被馬天目設的死局，在船底活活淹死了。馬天目說出真相后，勸說唐賢平不要再與他為敵，因為現在是國共合作抗日的時候，可唐賢平不聽。唐賢平覺得，馬天目此時在他的手上，沒有資格跟他談條件，他可以拿馬天目，跟共產黨換《懺悔錄》。馬天目見唐賢平不肯聽勸，只得悄悄地把藏在繩索下的槍拿出來，趁唐賢平不備，殺了郭寶開，還朝唐賢平開了槍。唐賢平在馬天目開槍后，跑進船艙里躲了起來，馬天目只得小心翼翼地追進去找唐賢平。最終，馬天目槍殺了唐賢平，而老趙在水根和江韻清的幫助下，也成功拿到了真正的《懺悔錄》。這批檔案的獲得，保護了共產黨許多潛伏在上海的秘密黨員和進步愛國人士，同時也掌握了大量日本間諜、國民黨特務甚至于西方特務的情況，為共產黨日后在上海的隱蔽戰線工作提供了重要保障。1938年，馬天目殉職于十六浦碼頭，成功完成了潛伏工作，消失在上海。吳崇信治好病之后，回到了上海，給江韻清下達了一個重要任務，那就是讓她去跟房日兔接頭，而這次的接頭暗號便是一枚金幣。當日，馬天目開槍殺了唐賢平，而他也同時被唐賢平打中了一槍，從船上掉下了海。（全劇終）