允賢恭送祁鈺，祁鈺在扶起允賢的同時在她耳邊說：他（朱祁鎮(霍建華 飾)）對你可真不一般。隨后祁鈺將允賢禁足萬安宮中。當晚有很多人找大夫看病，次日京城有眾多人染上瘟疫暴病而死。祁鈺安排汪國公(張柏俊 飾)處理此事。曹吉祥慫恿祁鈺借瘟疫處死孫太后(何晴 飾)的親信白晉得到祁鈺的首肯。村霞奉命在城中發放綠豆湯，可是白晉知道祁鈺想借機除了自己便陽奉陰違打砸藥鍋，從城外鎖住大門造成更大的恐慌。于東陽把此事上報祁鈺，皇后提議逃到太液島避難，祁鈺采納。皇后派了心腹去接允賢。哪知允賢上船后劃船的太監受皇后指使把船停在湖中央，然后他鑿穿船底，廝打中允賢和綠香相繼落水。危急時刻岸邊有路過的醫女投下繩索救起她們。隨后允賢和醫女們趕去太醫院查看，發現是黑脖子病并指出大黃可以治療此病。村霞打算挨家挨戶發放大黃可是人手不足，于東陽和杭綱帶來侍衛幫忙發放藥品。祁鈺不顧曹吉祥的安全命令他回宮中掌控大局引起曹吉祥的不滿。城中，太醫院、允賢、醫女等人共同在城中控制疫情。此時有人被痰卡住喉嚨無法呼吸，允賢要幫她吸痰，被李三救出的朱祁鎮制止。他用手摳出痰。朱祁鎮在這里指揮著大家控制疫情，此時的他儼然就是大家的主心骨。因為此病是因老鼠泛濫而起就又吩咐人去滅鼠，抓住了白晉，還派石亨控制住那些趁機搶劫的盜賊。大家忙碌到了半夜，朱祁鎮悄悄給疲憊不堪靠在欄桿邊睡著的允賢披衣，讓允賢從大家都死了的噩夢中驚醒。他安慰了允賢讓她繼續休息，允賢轉過頭隱藏落下的眼淚。次日很多百姓身體好轉，允賢和村霞比試起太醫院和醫女誰救助的病人最多。于東陽給祁鈺送來奏折說疫情已控制。允賢身體不適，朱祁鎮用手放允賢額頭查看是否發燒，被祁鈺撞見。后經村霞診斷允賢已有兩個月的身孕。